Num futuro não muito distante, uma subida súbita e inexplicável do nível do mar deixou grande parte da civilização humana debaixo de água. Ikaruga Natsuki, um menino que perdeu a mãe e uma das pernas em um acidente alguns anos antes, retorna desiludido de uma vida dura na cidade grande e encontra sua antiga casa no campo quase que engolida pelo mar. Sem família, tudo o que ele tem em seu nome é o navio e o submarino deixados por sua avó oceanóloga e as dívidas no nome dela. Sua única esperança de restaurar os sonhos para o futuro que perdeu é aproveitar uma oportunidade que lhe foi apresentada pela suspeita cobradora de dívidas Catherine. Eles partem para vasculhar as ruínas submersas do laboratório de sua avó, almejando encontrar um tesouro que dizem estar lá. Mas o que encontram não são riquezas ou joias, mas sim uma garota estranha chamada Atri em um caixão no fundo do mar. Atri é um robô, mas sua aparência e riqueza de emoções enganariam qualquer um. Repleta de gratidão por ter sido salva, ela faz uma declaração a Natsuki!