Mobile Suit Gundam GQuuuuuuX se passa em uma linha do tempo alternativa do Universal Century, onde Char Aznable roubou o RX-78-2 Gundam e levou o Principado de Zeon à vitória na Guerra de Um Ano. Cinco anos após esse conflito, a história acompanha Amate Yuzuriha, uma estudante do ensino médio que vive pacificamente em uma colônia espacial. Sua vida muda ao conhecer Nyaan, uma refugiada de guerra, que a introduz ao "Clan Battle", um esporte ilegal de duelos entre mobile suits. Sob o codinome "Machu", Amate pilota o GQuuuuuuX em batalhas intensas. Durante sua jornada, ela encontra Shuji, piloto de um Gundam não identificado, perseguido tanto pelas forças espaciais quanto pela polícia, colocando-os no centro de eventos que podem redefinir o futuro de seu mundo.